Ротацеф кўпчилик ҳолларда яхши ўзлаштирилади.
Ножўя самаралари, одатда қайтувчан бўлади ва препарат бекор қилинганидан сўнг йўқолади.
Овқат ҳазм қилиш тизими томонидан: кўнгил айниши, қусиш, диарея ёки қабзият, метеоризм, абдоминал оғриқлар, таъм билишни бузилиши, стоматит, глоссит, сохта мембраноз энтероколит, жигар трансаминазалари (кам ҳолларда – ишқорий фосфатаза, билирубин, холестатик сариқлик) нинг фаоллигини ошиши, дисбактериоз.
Цефтриаксонни юқори дозаларда қўллаш сохта холелитиазни ривожланишига олиб келиши мумкин.
Гематологик ўзгаришлар: лейкопения, нейтропения, гранулоцитопения, лимфоцитопения, тромбоцитоз, тромбоцитопения, гемолитик анемия, қон ивишини бузилиши, протромбин вақтини узайиши, кам ҳолларда – эозонофилия, якка ҳолларда агранулоцитоз.
Сийдик чиқариш тизими томонидан: глюкозурия, қон плазмасида мочевина ва креатининнинг миқдорини ошиши, цилиндурия, гематурия, олигурия, анурия.
Аллергик ва иммунопатологик реакциялар: эшакеми, эт увишиши ёки иситма, тошма, қичишиш, кам ҳолларда – бронхоспазм, кўп шаклли эритема, Стивенс-Джонсон синдроми, токсик эпидермал некролиз, зардоб касаллиги, ангионевротик шиш, анафилактик шок.
Маҳаллий реакциялар: препарат вена ичига юборилганидан сўнг флебит ривожланиши мумкин.
Препаратни секин (2-4 минут давомида) юбориш йўли билан уни ривожланишидан сақланиш мумкин; препаратни мушак ичига лидокаинсиз инекция қилиш оғриқли бўлади, юборилган жойда инфилтрат ҳосил бўлиши мумкин.
Бошқалар: бош оғриғи, бош айланиши, бурундан қон кетишлар, кандидоз.